Windows não é conhecido por ter a melhor interface para linha de comando, trazendo em todas as suas versões o Prompt de Comando (CMD), uma ferramenta limitada, principalmente se comparada com terminais baseados em UNIX. Desenvolvedores incomodados criaram soluções que otimizam e inclusive emulam comandos UNIX no SO da Microsoft. Separei uma lista com alguns terminais que já usei e recomendo.
ConEmu

ConEmu é um emulador de terminal bem completo com suporte para múltiplas abas, janelas e uma variedade de customizações. Conta com uma ampla variedade de ajustes e atalhos. Compatível com quase todas as shells populares de windows como: cmd.exe, PuTTY, PowerShell, Git Bash e outros…
Uma das muitas funcionalidades que me atrai bastante é o “Always on Top” que permite que a janela fique sempre em primeiro plano.
cmder

Cmder é um software criado a partir de pura frustração sobre a falta de emuladores de console no Windows. Baseado em um software incrível (ConEmu), e apimentado com o esquema de cores Monokai e um layout customizado, visivelmente sexy desde o começo.
cmder
Cmder é basicamente uma extensão do ConEmu, com algumas melhorias de configurações e customizações.
MobaXterm

MobaXterm é um programa extremamente completo que permite facilmente gerenciar ferramentas de acesso remoto como SSH, VNC, FTP, … Conta também com comandos unix como bash, ls, cat, sed, grep, …
Chamado de “All-In-One network application“, é um programa excelente para organizar e executar tarefas diarias como acesso a servidores remotos com SSH e inclusive permite a integração do shell com uma interface gráfica de FTP.
(Novo) Windows Terminal

Sabendo desse problema a Microsoft anunciou que está trabalhando em um novo terminal com mais funcionalidades:
- Múltiplas abas
- Suporte para comando linux através do Subsistema do Windows para Linux
- Temas e Personalização
- Renderização de texto completa baseada em GPU e até mesmo emoji
Uma versão beta já está disponível na Microsoft Store.