As vezes você simplesmente precisa deletar todos os bancos e começar do zero! Usando o shell do MongoDB isso fica muito fácil:
const dbs = db.getMongo().getDBNames();
for(let index in dbs){
db = db.getMongo().getDB(dbs[index]);
const dbName = db.getName();
if(!['admin', 'local'].includes(dbName)) {
print(`Deletando o banco ${dbName}`);
db.dropDatabase();
}
}
Esse código deleta de uma maneira segura todos os bancos mantendo apenas os bancos: Local e Admin, preservando todos os usuários e acessos previamente criados.
Como você pôde ver fazer scripts utilizando o mongo shell é bem simples e poderoso.