As vezes você simplesmente precisa deletar todos os bancos e começar do zero! Usando o shell do MongoDB isso fica muito fácil:

const dbs = db.getMongo().getDBNames();
for(let index in dbs){
    db = db.getMongo().getDB(dbs[index]);
    const dbName = db.getName();
    if(!['admin', 'local'].includes(dbName)) {
        print(`Deletando o banco ${dbName}`);
        db.dropDatabase();
    }
}

Esse código deleta de uma maneira segura todos os bancos mantendo apenas os bancos: Local e Admin, preservando todos os usuários e acessos previamente criados.

Como você pôde ver fazer scripts utilizando o mongo shell é bem simples e poderoso.

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